Η ελονοσία προκαλείται από πρωτόζωο παράσιτο (Plasmodium), που μεταδίδεται μέσω του τσιμπήματος του κουνουπιού Anopheles.

Η ελονοσία ήταν γνωστή και στην αρχαία Ελλάδα από τον 5ο αιώνα π.Χ. ως ένα συχνό και θανατηφόρο φαινόμενο.

Οι Αθηναίοι στρατιώτες εκτέθηκαν σε αυτήν κατά τη διάρκεια των πολέμων, π.χ. στη Σικελική Εκστρατεία και υπάρχει η άποψη ότι συνέβαλε (και αυτή) στην αποδυνάμωση της Αθήνας κατά τον Πελοποννησιακό Πόλεμο.

Ο Ιπποκράτης, ήταν ο πρώτος που τη συνέδεσε με την παρουσία ελών αν και δε την ονομάζει ελονοσία, αυτός είναι ένας αρκετά μεταγενέστερος όρος. Γράφει στο Περί Αέρων, Υδάτων και Τόπων:

«Ὅσοι δὲ τόποι λειμώνας ἔχουσιν καὶ λίμνας στάσιμον ὕδωρ, εὐχειμέρους μὲν εἰσίν, εὐήρους δὲ οὐκ εἰσίν· οἱ δὲ ἄνθρωποι εἰσίν ἰσχνόσωμοι, εὐπαθεῖς, φλεγματικοὶ, ἄρρηνοι· καὶ πλείους γίνονται ἐν τοῖσι τοιοῖσι τόποισι ἔντονες, πυρετοὶ, ἕλκεα, καὶ φρενῖτιδες, καὶ πλείων θάνατος».

Δηλαδή: Όσοι τόποι έχουν λιβάδια και λίμνες με στάσιμα νερά, έχουν ήπιο χειμώνα αλλά όχι υγιεινό αέρα. Οι άνθρωποι εκεί είναι αδύναμοι σωματικά, ευπαθείς, φλεγματικοί και άρρωστοι· σε τέτοιες περιοχές εμφανίζονται περισσότερες περιπτώσεις υψηλών πυρετών, αποστημάτων και φρενιτίδων· και οι θάνατοι είναι συχνοί.

Παρόλα ταύτα τόσο ο ίδιος όσο και αρκετοί ιατροί μετά από αυτόν, δεν κατάφεραν να διαγνώσουν το αίτιο της μετάδοσής της (τα κουνούπια) αλλά έδωσαν κάποιες άλλες εξηγήσεις:

• Η Θεωρία του μιάσματος (μίασμα):
  Η ελονοσία αποδιδόταν σε «κακόν αέρα» που αναδυόταν από έλη, στάσιμα νερά, λιμνάζουσες περιοχές ή ακόμη και από τη σήψη φυτών και ζώων.

• Κατανομή των ανέμων και του κλίματος:
  Οι ιατροί παρατηρούσαν πως περιοχές με υγρασία, ζέστη και στάσιμο νερό παρήγαγαν περισσότερα περιστατικά, κάτι που τους οδήγησε σε πολύ ακριβείς παρατηρήσεις για την κλιματική επίδραση στη νόσο.

• Ανισορροπία χυμών:
  Η νόσος συνδεόταν με υπερβολική υγρότητα στο σώμα ή φθορά της χολής. Ιδιαίτερα, όταν υπήρχε «ψυχρός» πυρετός, αυτό ερμηνευόταν ως υπεροχή του φλέγματος.

Οι αρχαίοι πρότειναν θεραπείες βασισμένες σε:

• Αιμοκαθάρσεις (αφαίμαξη) για «εκτόνωση» των υγρών.

• Πουρίσματα / καταπλασμούς: Στοχευμένες πλύσεις ή κατάπλασμοι για αποσυμφόρηση.

• Φυτικά βότανα: Κυρίως αψίνθιον (Artemisia spp.), κύμινο, μαραθόσπορος — χωρίς όμως την κινίνη, η οποία ανακαλύφθηκε πολύ αργότερα φωτίζοντας την αποτελεσματικότητα της αρχαίας πρακτικής.

Η ελονοσία δείχνει πώς οι αρχαίοι Έλληνες, χωρίς τεχνολογία, κατάφεραν να εντοπίσουν το φυσικό περιβάλλον μιας ασθένειας, έστω κι αν αγνοούσαν την αληθινή της αιτία.

Η παρατήρηση, η καταγραφή και η σύνδεση με το κλίμα και τη γεωγραφία, είναι πρακτικές που χρησιμοποιούνται ως σήμερα, στην επιστήμη της επιδημιολογίας.